微波化學反應器是一種高頻率的電磁波，其本身并不產生熱。自然界的微波因為分散不集中，故不能作為一種能源，而利用的磁控管則可將電能轉變為微波，以每秒2450MHz的振蕩頻率穿透介質，當介質有合適的介電常數和介質耗損時，便會在交變得電磁場中發生高頻振蕩，使能量在介質內部積蓄起來。對化學反應而言，可同時產生熱效應和非熱效應微波化學反應器操作步驟：
1．把微波化學反應器電源接通，打開電源開關。電源指示燈、爐燈、液晶屏同時亮起。
2．微波腔體內必須放置好您所需要反應的化學物質。
3．設定工作時段的參數
反應器共分五個工作時段。每個工段下檔位，溫度，時間獨立可調。
檔位輸入范圍01-10，01為低檔，表示10％功率。10為，表示為100％功率。
溫度輸入范圍0-250，表示0℃250℃。
時間輸入范圍0-999，表示0秒999秒。
4．運行微波化學反應器
按動觸摸面板確認鍵，確認設定的工作時段參數為有效數據。此時液晶屏光標將會消失，不再接受新的輸入數據。本次確認的參數將保存在Flash存儲器，斷電后不會丟失，按動觸摸面板開啟鍵，微波化學反應器按照用戶設定開始工作，微波開始發射。液晶屏右下角顯示微波輸出中。液晶屏實時顯示當前的實際溫度，有效功率，實際時間按動觸摸面板關閉鍵，微波化學反應器停止工作，微波不再發射。液晶屏右下角顯示微波 已停止微波化學反應器運行中修改反應條件：按動觸摸面板設定鍵，液晶屏光標再次出現，可以修改參數，修改完畢后，必須按動觸摸面板確認鍵進行確認。不必再次按開啟鍵。
5．磁力攪拌器的控制
磁力攪拌器的控制為單獨控制不受微電腦控制，順時針旋動微波化學反應器門右側的旋鈕，磁力攪拌器的速度隨之提高，反之下降。
